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Ein heftiger Erbstreit zwischen den beiden Regenten der beiden Teile Mecklenburgs wird im Ruppiner Machtspruch beendet. Doberan fällt durch die Reformation aus dem Einflussbereich des Bistums Schwerin heraus und wird dem Domanium (herrschaftlicher Besitz) zugeordnet. Abt Nikolaus Pepperkorn ruft erneut beim neuen Herzog Johann Albrecht I. um Hilfe. Er hofft darauf, dass der Konvent sich auflösen kann und die sonst mittellosen Mönche beim Landesherren unterkommen mögen. Der Herzog macht eine Generalvisitation und schließt mit dem Abt einen Vergleich der besagt, dass Pepperkorn abdankt und mit 100 Talern jährlicher Leibrente nach Pelplin geht.

In der Urkunde schreibt Pepperkorn, dass er „ganns freywiligk, ungezwungenn unnd ungedrungenn“ das Kloster abgibt, weil „yck unde myne myth Conventsbrodere unde personen olde swacke begadete luden weren“, die nicht mehr das Kloster und die Besitztümer in gewohnter Weise bewirtschaften können. Weiterhin heißt es, dass Herzog Johann Albrecht I. „syck dysses klosters und dersulwigen underdanen onde thogehorygen guderen gnedychlych tho undernehmen unde de myth ieren amptluden fürder tho bestellen“.

Einen Tag nach Dargun räumt der Konvent am 7. März Doberan und übergibt dem Herzog die Besitztümer. Der gründet auf dem Kammerhof ein Amt und setzt Amtshauptmann Rathenow als Verwalter des Amtes Doberan ein. Arbeiter und Fuhrleute tragen im Auftrag des Herzogs das Kloster ab und verbringen das so gewonnene Material aus der Stadt. Auch Ausstattungsgegenstände verschwinden.

(Es hält sich bis heute das Gerücht, dass der Herzog die Steine für den Umbau des Schweriner Schlosses benutzt hat, zugleich spricht einiges dafür, dass auch das Güstrower Schloss und die Festung Poel mit Doberaner Backsteinen beliefert wurden.)